Es el Departamento responsable de dirigir la selección, evaluación, organización, clasificación, descripción y conservación preventiva de toda la documentación existente, según las normas internacionales para su posterior catalogación, ofreciendo así un acceso más eficiente y automatizado. Custodia 209 Fondos Documentales que resumen buena parte de la historia documental del país organizados a través de sus distintos actores y dentro de los que se encuentran joyas documentales como el Tratado de Wisconsin, documentos oficiales del Incidente de la Tajada de Sandia, así como un expediente de Alcabala de la Corona Española de 1572 entre muchos otros.

El Archivo Nacional de Panamá, custodia fondos documentales que datan de inicios del siglo XVI hasta épocas más contemporáneas de nuestra visa republicana y que constituyen parte importante de las fuentes primarias de la historia política, social, económica y religiosa del país, por ello, su estudio y conservación resultan necesarios para la investigación y difusión del acervo histórico nacional.

Los fondos existentes se distribuyen en tres períodos de nuestra historia, que van desde la época Hispánica, Colonial y Republicana; concentrándose la mayor cantidad de fondos en el último periodo.  Las series documentales se caracterizan por el trámite o asunto en particular de la unidad administrativa que la genera.  Las mismas están conformadas de acuerdo a la tipología documental, como simple y compuestas.

La organización y descripción de los Fondos Documentales se basan en la Norma ISAD (G) del Consejo Internacional de Archivos (1999), dirigidas a facilitar la recuperación e intercambio de información sobre los documentos de archivo, compartir datos de autoridad e integrar las descripciones en un sistema unificado de información. 

La documentación bajo custodia del departamento de Fondos Documentales se puede acceder para consulta y reproducción siempre y cuando el estado físico de documento o expediente así lo permita. el servicio deberá canalizarse a través de unidad de atención a usuarios ubicada en la Biblioteca del Archivo y es gratuito.

La información sobre los distintos fondos documentales custodiados o puede consultarse en la sección “Colección”