El Archivo Nacional de Panamá fue creado mediante la Ley No. 43 de diciembre de 1912, durante la primera presidencia del Dr. Belisario Porras. Sin embargo, el actual edificio que alberga esta institución fue inagurado el 15 de agosto de 1924 durante la tercera administración presidencial del doctor Porras. Los planos de este edificio fueron diseñados por el arquitecto Villanueva Mayer. Hay que destacar que este edificio fue la primera estructura de América Latina levantada para albergar la documentación pública que generara las administraciones estatales panameñas.

Anteriormente se recibían archivos de la Nación, de las provincias y de los municipios, pero a pesar de que el actual edificio es majestuoso, prontamente su capacidad resultó reducida para recibir tan abundante documentación, razón por la cual en noviembre de 1933 un decreto suspendió el recibo de documentos por falta de espacio.

Originalmente, el Archivo Nacional de Panamá formó parte del Ministerio de Gobierno y Justicia hasta 1982. Posteriormente se transfirió al Instituto Nacional de Cultura mediante la Ley No.9 del 2 de abril de ese mismo año y después, mediante el Decreto Ley No. 3 del 8 de julio de 1999 fue adscrito al Registro Público de Panamá, como una Dirección del cual dependemos en la actualidad.

El archivo nacional consta de dos plantas y un sótano que funciona como repositorio de documentos. Actualmente contamos aproximadamente con 3.5 kilómetros, de diferente procedencia y distintas épocas.